深化应用ERP已经是企业信息化进程的关键点，现在，ERP确实面临了很多挑战。在深度应用时，需要深入分析客户的需求和行业特征。著名ERP专家、中国机械工业企业管理协会常务理事金达仁指出， 深化应用ERP的方法有以下六个方面：
一、是增强企业主体意识。20多年来，我始终认为企业是应用ERP的主体。在我看来“意识是看不见摸不着的，但意识又是客观存在的，并直接主导和影响着人类社会各项活动的进程和效果。”因此，企业主体意识不增强，且不能真正落到实处，再好的战略、理论、方法、技术、软件和网络平台都将无济于事，深化应用ERP也将无从谈起。
二、是重在应用研究。由于我国目前尚无原创、集成的现代企业管理理论和方法，因此我们在学习和研究ERP原理和方法的同时，更多的是要研究和创建适合国情的ERP应用理念、应用方法和应用体系。毕竟理论要通过应用才能转化为现实生产力。
三、是着力推动BMR。这是因为大量的研究与实践表明“流程从属模式，模式从属战略”，它们之间也是一种协同的供应链关系。此外，一些已经实行BPR的企业随着认识和应用的深化，也普遍感到BPR绩效不尽理想，尽管原因很多，但没有与BMR实行紧密融合则是问题的主要原因。
四、是加快ERP应用集成。目前，我国大多数企业ERP应用仍停留在子系统应用或单项应用阶段，尚未集成，而应用集成又是深化应用ERP的基础和标志。
五、是树立诚信经商意识。软件厂商及其代理商们不要炒作概念，夸大IT的作用和软件的功能，使客户眼花缭乱，不知所措;同时还要与客户密切配合，把目前业界经常看到听到的“ERP成功上线、ERP应用最佳实践”赋予具体内涵，有利于ERP应用绩效评价和持续改进。
六、是赢在落到实处。应该说时至今日，在我国ERP应用领域已经有很多国内外先进、成熟的思想和方法，足可以让我们学习和应用。因此，我们更多的是要认真思考“赢在落到实处”这个基本理念，尽快地将这些思想和方法用来解决各种实际问题，使其迅速发挥应有的作用。
任何信息化应用，最终还是要落脚到购买和实施各类软、硬件系统，企业CIO不可能所有的都自己开发。IT技术的发展日新月异，但是，对于CIO而言，重要的是要清晰地把企业的的需求，同时实现信息系统的集成化，以便根据企业的需求进行配置、扩展、集成。